Родился 11 июня 1908 года в деревне Ключино Вышневолоцкого уезда Тверской губернии в семье рабочего. Окончил десять классов средней школы, с 1924 по 1930 г. работал на стекольном заводе «Красный Май».

В 1930 году призван в Красную Армию. Член КПСС с 1931 года. Участник боев с белофиннами. В годы Великой Отечественной войны – штурман эскадрильи 746 полка дальнего действия. Совершил 96 ночных боевых вылетов на бомбардировку важных объектов в глубокий тыл противника.

С.Ф. Ушаков награждён двумя орденами Ленина, четырьмя орденами Красного Знамени, орденом Александра Невского, двумя орденами Отечественной войны 1-й степени, орденом Красной Звезды, медалями.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июля 1943 года «за образцовое выполнение боевых заданий командования и проявленные при этом мужество и героизм» подполковнику Сергею Федоровичу Ушакову было присвоено звание Героя Советского Союза.